L’église, un des chefs d’œuvres d’art Romans en France,  est qualifiée selon Viollet le Duc comme le « Monument le plus parfait que le XIème siècle ait laissé à la France ».

Elle fut probablement utilisée comme base architecturale pour les églises de Notre-Dame du Port d’Issoire, de Saint-Nectaire ou d’Orcival construites après celle de Nevers. Elle devance également d’un quart de siècle celles de Saint-Lazare d’Autun, Notre-Dame de Beaune et Notre-Dame de Paray-le-Monial. Elle fait 50,70m de longueur pour une hauteur sous voûte de 18m. La largeur du transept est 33.45m et la largeur de la nef est de 7.80m pour 3.10 de largeur pour les collatéraux. L'église adopte un plan à 3 nefs et déambulatoire sur lequel s'ouvrent des chapelles rayonnantes.
 

Une charte datée de 1063 et signée par Hugues de Champallement, Evêque de Nevers. Hugues est pourvu d'un canonicat dans la cathédrale d'Auxerre et est élu évêque de Nevers en 1013. En 1016, il donne à l'Abbaye de Fleury Saint-Benoit-sur-Loire la terre de Saint-Cyr-les-Colons, près d'Auxerre.

Ce dernier relate qu’il existait à l’emplacement du prieuré Saint-Etienne un monastère fondé par Saint Colomban au début du VIIe siècle. Ce moine irlandais y aurait placé des religieuses vouées à la vie contemplative et fait construire une riche église dédiée à Jésus Christ, à la Sainte-Vierge, et à Saint-Etienne, premier martyr, à Saint Jean l’évangéliste et aux Saints Innocents.

1063, début de la construction de l’église Saint-Etienne par Guillaume Ier comte de Nevers, il fit construire également le monastère d’abord concédé à des chanoines puis à l’Abbaye de Cluny en 1068. Le coût important de la construction ne lui permit pas de participer à la première croisade.

1083, selon Guy Coquille, l’église possédait déjà ses tours.

1097, 2 décembre, fin de la construction. Dans une charte, le comte de Nevers crée le « bourg franc de Saint-Etienne ». Les moines de Cluny obtiennent également le droit de haute, moyenne et basse justice, devant de facto des seigneurs du bourg. Le lieu devient d’asile, le bourg abritait des hommes libres exempts d’impôts et service militaire. Elle fut consacrée par Yves de Chartres.

L’église fut dès sa construction édifiée en dehors des remparts de la ville, la laissant sans défense lors des premières invasions. Elle sera cependant incluse à l’intérieur des fortifications du XIIe siècle.

1420, le monastère est brulé et il est reconstruit partiellement. L’église semble ne pas avoir été endommagée par l’incendie ou alors à la marge.

1475, le chevet de l’église est modifié par l’adjonction d’une sacristie entre la chapelle d’axe et l’absidiole méridionale alors que celle du croisillon sud cédait la place à une chapelle surmontée d’une tour carrée. Le porche construit à la fin du XIIe siècle est remplacé par un fronton de style grec, les sculptures du portail disparurent.

1585, le bourg franc de Saint-Etienne perd ses privilèges lorsque le bourg est réuni définitivement à la ville de Nevers.

l'Eglise avant qu'elle soit fortement endommagée par les Révolutionnaires.

1792, en pleine période de la terreur révolutionnaire, l’église est endommagée, notamment par la destruction de son narthex qui datait d’avant 1171 et de ses trois clochers.

Elle deviendra un magasin à fourrage militaire avant de redevenir un lieu de culte en 1798.

1841, l'église Saint-Étienne fait l’objet d’un classement au titre des monuments historiques. Prosper Mérimée interviendra personnellement notamment en s’opposant qu’on badigeonne ses colonnes en noir.

1846, début des grandes campagnes de restaurations par la municipalité, c’est l’architecte Paillard (qui fut aussi l’architecte de l’hôtel de ville de Nevers) qui s’évertua à redonner à l’église son décor originel. La sacristie est détruite afin de redonner au chevet son aspect d’origine.

L’abbé Crosnier fait déblayer les terres qui entouraient l’édifice et surtout fait mettre un pavage afin d’éviter les infiltrations d’eau et offrait un meilleur accès à l’église. Le presbytère est détruit également par la ville dans le but principalement de dégager l’église et de lui rendre sa splendeur d’origine. Seuls les trois clochers ne seront pas remis en place.

1892 à 1902, restaurations de la façade.

1905, voûte de la nef.

1910, croisillon nord et reconstitution de la chapelle rayonnante.

1974, des fouilles sont faites à la croisée de l’édifice actuel. On a trouvé la substruction de l’église antérieure qui possédait une profonde abside centrale et au moins une absidiole côté nord. On a aussi trouvé quelques sarcophages et une mosaïque avec une représentation de saint Colomban, ce qui corrobore la présence d’une église ancienne construite peut-être dès le VIIe siècle.