La ville de Joigny est classée comme ville et pays d'art et d'histoire . Dans le centre historique, il y a plusieurs maisons à colombages, parmi lesquelles se distinguent la Maison de l' arbre de Jessé ou la Maison de Bailli . On distingue également dans la ville un château Renaissance , le Château des Gondi et plusieurs hôtels particuliers. Un type de vin produit dans la commune, le "Bourgogne Côte Saint-Jacques", est reconnu avec le certificat de qualité AOC .

Initialement la ville de Joigny n'est pas une ville Bourguignonne, mais une ville de la Champagne dont elle fut ratachée que très tardivement à la Révolution Française.

Le site est occupé à la période néolithique, toutefois, la ville actuelle est fondée pendant l'époque romaine par Flavius Jovinius Préfet de la milice romaine en Gaule en 3691 (Joviniacum en latin). Puis durant l'époque mérovingienne, c'est la construction d'une place forte à la fin du xe siècle par Raynard le vieux, comte de Sens, qui marquera la naissance de la ville actuelle, fondée officiellement en 996.

Situé avant la Révolution française en Champagne mais rattaché, du fait de sa proximité avec la rivière Yonne, au département de l'Yonne (avec Sens) par le législateur en 1790.

Avant l'An mille, Joigny faisait partie du comté de Sens .

Puis en 996, Geoffroy Ier de Ferréol, comte de Joigny, baron de Joinville3 était le doyen des sept pairs de champagne. 4 Geffroy fonde le prieuré Notre-Dame dont la charte nous apprend 5 que Joigny s'appelait Castrum Gaudiaci ce qui voulait dire Le château de plaisance. Les comtes de Joigny étaient aussi pairs de France ainsi que nous l'apprend un jugement de Philippe II de France en 1216 qui rendit un jugement entre un différend qui opposait la reine de Chypre et la comtesse Blanche en présence des pairs du royaume dont Guillaume Ier6.

Il fonde dans le quartier vigneron de Saint-André le prieuré Notre-Dame de Joigny7, placé sous la tutelle clunisienne, à l'emplacement d'une chapelle dédiée à saint Georges : les premiers moines viennent du prieuré de La Charité dont Gérard de Cluny, par ailleurs bâtisseur du prieuré de la Charité sur Loire, devint le premier prieur. L'église prieurale est consacrée le 14 septembre 1085 par l'archevêque de Sens Richer II et deviendra au fil des siècles et des modifications, notamment de la façade au xvie siècle, l'actuelle église Saint-André8.

Un document de 1138 fait état d'un don de 15 livres de rentes par le comte de Joigny, aux templiers, sur ses droits de péage pour l'entretien d'une de leur Chapelles. En 1162 ils échangèrent cette rente contre des bois et terres. En 1211 ils achètent les terres de Simon de Courtanron à Corberie. En 1188 l'ordre des hospitaliers reçut en donation du comte Guillaume des près et terres situés à Saint-Thomas. La Commanderie fut réunie à celle de Launay en 1469.

1300, Jean III affranchit les "hommes, femmes nés ou à naître à perpétuité" de toute taille, servage ou servitude qu'il avait sur eux pour la somme de 4850 livres.

1333, un document établit l'inventaire de la léproserie de Saint-Denis de Léchères située sur le territoire de la paroisse de Cezy (aujourd'hui Joigny) et qui remonterait au début du xiiie siècle. La léproserie disposait d'une chapelle, d'un chapelain et d'un cimetière. Pour s'assurer des revenus elle disposait également d'une exploitation rurale (granges, étables, porcheries, etc.), de vignes et d'un port d'embarquement sur l'Yonne. Outre les tonneaux de vin, le port Folet permettait d'acheminer des bois et des charbons provenant de la vallée du Vrain et de ses alentours. Chaque année une foire se tenait aux environs de la léproserie. En 1334 l’archevêque de Sens Guy de la Brosse fit don de la léproserie au Chapitre de Paris qui possédait des vignes dans son environnement. Cette possession dura jusqu'à la fin du xve siècle9. Durant l’Ancien Régime, Joigny est chef-lieu de comté 10, archives du département de l'Yonne 1866 et siège de nombreux offices.

Le 12 juillet 1530 à environ 4/5 heures du soir,  la ville fut victime d'un grand incendie qui la ravagea à l'exception de la paroisse Saint-André. Au XVIème siècle on reconstruisit des maisons comme celle de l'arbre de Jessé, ce qui explique en grande partie le grand nombre de belles maisons du XVIe.

Lors de la Révolution française, Joigny devient chef-lieu de district puis sous-préfecture à la création des départements ; qualité qu’elle perd en 1926 pour n’être plus que chef-lieu de canton.

Le 6 mars 1814, lors de la Sixième Coalition contre la France de Napoléon, le maire de Joigny abandonne son poste alors qu'une colonne de 8 000 cosaques et hussards hongrois passe à Joigny pour aller stationner à Villeneuve-sur-Yonne le 8 mars 1814.

La ville a été victime des bombardements durant la Seconde Guerre mondiale. La place Saint-Jean a d'ailleurs été fortement touchée par ces bombardements tout comme la porte Saint-Jean ainsi que la maison du Bailli dont la façade avant fut soufflée. Elle fut ensuite rénovée puis rétablie monument historique comme avant guerre.

La ville accueillait depuis 1949 le 28e groupe géographique, qui est l'unique unité de géographie militaire de l'Armée de terre. Suite à la réforme de la carte militaire, cette unité est destinée à être transférée à Haguenau dans le Bas-Rhin, l'État soutenant en contrepartie l'activité de la commune par un plan de redynamisation d'un montant de 3 millions d'euros. La même année, le groupe Stypen, filiale de Bic, délocalise sa production en quittant Joigny pour la Seine-et-Marne.

À partir de 2005, Joigny compte 10 100 habitants et 223 habitants au km².