Il y a plus de 5 000 ans, les premières communautés s'installent à Thouars, le long du Thouet, entre le Château actuel et la vieille ville. La présence de vestiges de voies romaines dans la vieille ville suggère également une occupation durant l'Antiquité. Toutefois, c'est la découverte d'une pièce mérovingienne portant le nom Toareca qui confirme l'existence de la ville à cette époque.

Au VIIIe siècle, Thouars fait partie de l'Aquitaine et est considérée comme la forteresse la plus solide de la région selon les chroniqueurs de l'époque. Durant cette période, le duc Waïfre se bat pour l'indépendance de l'Aquitaine contre le roi des Francs Pépin le Bref, qui attaque la ville en 762 accompagné de son fils, le futur Charlemagne. Ils détruisent la cité d'origine gallo-romaine et incendient le château.

À partir du IXe siècle, une lignée de vicomtes prend le pouvoir et administre le fief pendant plus de cinq siècles. Le premier vicomte connu est Geoffroy Ier, qui fonde la dynastie de Thouars. La vicomté de Thouars s'étend du Haut-Poitou jusqu'à la mer, ce qui en fait un fief stratégique et très riche.

Au XIIe siècle, la citadelle de bois est remplacée par une forteresse en pierre, comparable au donjon de Moncontour, et la ville est entourée de fortifications en bois. On construit également les premiers édifices religieux, tels que Saint-Pierre du Châtelet (aujourd'hui disparu) et Saint-Laon, une Abbaye fondée pour abriter les reliques de saint Lô. Pour faire face à l'afflux de nombreux pèlerins, on construit le pont Saint-André au sud (aujourd'hui disparu) et le pont Saint-Jacques à l'ouest (détruit en 1944). Enfin, devant l'augmentation de la population, on érige une nouvelle église en dehors des remparts : Saint-Médard-des-Champs.

Lorsque Geoffroy IV de Thouars accède à la vicomté de Thouars en 1151, il est un fidèle allié du comte d'Anjou et du Maine, Henri Plantagenêt. Cependant, lorsque ce dernier devient roi d'Angleterre sous le nom d'Henri II en 1154, il décide de s'allier au roi de France Louis VII. À cette époque, Thouars est coincée entre l'Anjou, qui appartient au roi Henri II, et l'Aquitaine, qui est redevenue indépendante après le divorce du roi de France Louis VII et d'Aliénor d'Aquitaine. En 1152, Aliénor épouse Henri Plantagenêt, liant ainsi l'Aquitaine au royaume d'Angleterre (sans toutefois en faire jamais partie). La vicomté de Thouars se retrouve donc enclavée au milieu de ce qu'on appellera plus tard l'« Empire Plantagenêt », ensemble de territoires liés d'une façon ou d'une autre.

Au XIVe siècle, la vicomté de Thouars passe aux mains de la famille de La Trémoille, une famille noble puissante de l'époque. Ils vont jouer un rôle important dans l'histoire de la ville en y favorisant l'implantation d'ordres religieux et en laissant leur marque sur l'architecture locale. Ainsi, le couvent des Cordeliers, l'église Saint-Médard et le couvent des Ursulines sont construits sous leur patronage.

Cependant, le conflit entre les rois de France et d'Angleterre n'épargne pas la ville de Thouars. Pendant la guerre de Cent Ans, Thouars est prise par les Anglais en 1356 puis reconquise par les Français en 1372. La ville est éprouvée par les pillages et les destructions successives. Elle se relève progressivement grâce aux activités artisanales et commerciales qui se développent à partir du XVe siècle.

Renaissance et temps modernes

À partir de la Renaissance, Thouars connaît un nouvel essor économique et culturel. La ville se pare de nouveaux édifices : le château des Ducs de La Trémoille, l'hôtel de ville, l'église Saint-Laon et la chapelle Saint-Jacques. Les rues sont élargies, les maisons sont embellies et la ville se couvre d'hôtels particuliers.

La Révolution française met fin à la vicomté de Thouars et à l'influence de la famille de La Trémoille. La ville est rattachée au département des Deux-Sèvres et devient chef-lieu de district en 1790. Elle perd une partie de son importance économique au profit de villes plus grandes comme Niort.

Au XIXe siècle, Thouars connaît une nouvelle période de prospérité grâce à l'industrie textile qui se développe dans la région. La ville se modernise : la gare est construite, le réseau routier est amélioré, des usines s'installent dans la périphérie de la ville.

Pendant la Première Guerre mondiale, Thouars est transformée en ville-hôpital pour accueillir les blessés du front. Pendant la Seconde Guerre mondiale, la ville subit de nombreux bombardements qui détruisent une grande partie du centre-ville. La reconstruction de Thouars se fait dans un style moderne, avec des immeubles en béton.

Depuis la fin de la Seconde Guerre mondiale, Thouars poursuit son développement économique et culturel. Elle accueille des entreprises de différents secteurs d'activité, organise des événements culturels et sportifs et s'attache à préserver son patrimoine historique. Aujourd'hui, Thouars est une ville dynamique et attractive, qui attire chaque année de nombreux visiteurs.