Fondée en 1114, Pontigny est deuxième fille de Cîteaux. Son abbatiale est la plus grande église cistercienne actuellement.

C’est le 30 ou 31 mai 1114 que, sous la direction d’Hugues de Mâcon, un groupe de moines, envoyé par Étienne Harding à la demande d’un prêtre d’Auxerre, vint s’installer à Pontigny. Il fondait ainsi la deuxième des « quatre premières filles » de Cîteaux qui ont un rôle particulier dans l’organisation de l’Ordre. Première abbaye cistercienne à s’éloigner notablement de son « abbaye-mère », Pontigny, dans la vallée du Serein, se trouvait dans le diocèse d’Auxerre, à la limite de ceux de Sens et de Langres, et non loin de celui de Troyes.

Mère de 40 filles de la France à la Roumanie, l'abbaye accueillit des hôtes illustres tels que des archevêques de Cantorbéry : Thomas Becket, Étienne Langton, Saint Edme d'Abingdon ainsi que la reine Adèle de Champagne en particuliers.

Elle doit sa célébrité à la fois par son rang au sein de l’Ordre, au prestige de ses protecteurs, de ses hôtes de marque et de ses abbés, à l’importance de sa communauté et de ses possessions, et à la richesse patrimoniale de sa bibliothèque et de son architecture.

En tant que propriétés ecclésiastiques, les possessions de l’abbaye de Pontigny furent mises à disposition de la Nation (décret du 2 novembre 1789) et vendues comme biens nationaux à partir de 1791.

L’enclos du monastère fut acquis par des particuliers en 1792, mais l’église abbatiale fut réservée à l’usage de la commune de Pontigny, tout comme l’allée permettant d’y accéder et la galerie sud du cloître nécessaire à sa stabilité. Une grande partie des bâtiments sont détruits et rasés.

En 1842, l’archevêque de Sens, Mgr de Cosnac, fit l’achat de l’ancien enclos abbatial et y installa l'année suivante une petite communauté de prêtres placée sous l’autorité du P. Jean-Baptiste Muard. Elle devint par la suite la Congrégation de Saint Edme qui occupa les lieux jusqu’à son départ pour les États-Unis décidé en 1901.

Le domaine abbatial fut racheté par Paul Desjardins en 1906 ; il y organisa les célèbres Décades de Pontigny, rencontres d’écrivains, de philosophes et d’intellectuels français et européens, auxquelles participèrent, entre 1910 et 1939, des intellectuels comme André Gide, Roger Martin du Gard, André Maurois, Jacques Rivière, ou encore Jean Tardieu parmi de nombreux autres personnages.

1947, les pères de la Congrégation de Saint Edme, qui s’était développée aux États-Unis, revinrent dans les locaux de l'ancienne abbaye et y dirigèrent pendant sept ans un collège franco-américain.

1954, la Mission de France installa son séminaire dans le domaine, après que le pape Pie XII eut érigé la paroisse de Pontigny comme prélature territoriale. Si la formation de ses prêtres s’effectue depuis 1968 en région parisienne, son statut canonique constitue de fait l'ancienne église abbatiale comme cathédrale de la Mission de France.

Entre 1968 et 2006, les anciens bâtiments accueillirent un des centres de formation de l’ADAPT.

2003 , il est acheté par le Conseil Régional de Bourgogne, une partie est donc accessible au public.

2014, l’abbaye fête ses 900 ans.

2019, l'Abbaye est  mise en en vente par la région Bourgogne France-Comté, propriétaire depuis 2003, pour la somme de 1.8 millions d'euro. Avec 40 000 visiteurs, non payant, la région  ne souhaite plus prendre en charge l'abbaye. source