Les origines de de la première chapelle de l'Épinoy pourrait remonter au VIIe siècle, c'est probablement le plus ancien sanctuaire de Châteauneuf sur Loire, village appelé anciennement « Montraer ». Selon la légende, un seigneur très croyant aurait eu un songe qui lui avait fait apparaître une dame couverte de déchirure d'épines. Puis un jour, marchant sur son territoire il découvrit une Vierge Marie dans un buisson d'épines. Ce type de découverte de vierges dans les bois, terres et divers endroits est assez courant à ces époques, on peut le voir notamment à Clery-Saint-André par exemple.

Il fait alors édifier une église pour y mettre cette statue, avec l'aide de la population locale. Cette église et cette vierge au doux nom de «  Sainte Marie de Montraer ». La renommée de cette église et vierge se développa assez rapidement, comme très souvent lors de ces découvertes. Le nom usuel se transforma en «  Vierge sauvée des épines » , puis « Notre Dame de l'Epinoy » et aussi «  la Bonne Dame ».

1135, Louis VI dit le « Gros » donne l'église et ses terres aux moines de Fleury à Saint-Benoît ( actuelle Abbaye de Saint-Benoît ). Ils y fondèrent un prieuré qui sera rattaché plus tardivement à celui de Vitry-aux-Loges. L'église est alors assez importante, avec un cloître, on est donc assez loin de la chapelle actuelle.

Au VIIe siècle, tout comme le château de Châteauneuf sur Loire, l'église est fortement dégradée.

1726, le 22 janvier, le clocher de l'église s'écroule sur la nef de l'église, l'endommageant définitivement. Faute de moyen, l'église est reconstruite en plus petite, c'est l'actuel édifice que nous pouvons voir aujourd'hui. Elle fut inaugurée par l'évêque d'Orléans le 10 septembre 1728.

Lors de la Révolution Française elle devient « Bien National », l'église est utilisée en tant que magasin d'approvisionnement pour les armées de la république. La statue est miraculeusement cachée des révolutionnaires qui n'auront pas  l'occasion de la détruire.

1796, le 10 juillet , un certain Pierre Maria rachète l'église.

1823, 10 décembre, il  revend l'édifice 400frs à « la fabrique », qui  était une entreprise qui gérait les biens de l'église.

1844, reconstruction de la voûte de l'église.

1843, le propriétaire du château de Château-Neuf sur Loire, offre la cloche en 1846.

1885, une croix biface est mise en place le 15 août.

2011, mai, après quelques années de fermetures, la municipalité restaure l'édifice et permet alors sa réouverture pour les visites.