L'église porte le nom de l'archevêque de Milan, Saint-Charles de Borromée, il fut le rand artisan dans son diocèse de la Réforme catholique voulue par le concile de Trente, il est considéré comme un modèle d'évêque post-tridentin. Canonisé dès 1610 par le pape Paul V, il est liturgiquement commémoré le 4 novembre. Il y a moins d'une vingtaine d'église dans le monde dédiée à ce saint.

 Jonville devenue indépendante de la commune de Saint-Maur en 1790, la nouvelle commune de Joinville-le-Pont achète un terrain situé rue de Paris afin de faire construire l"église. Il existait à l'époque une petite chapelle dédiée à Saint-Lénard.

Le 27 août 1856 est posée la première pierre, la construction se terminant début 1860. C'est l'architecte Claude Naissant qui fut chargé de la construction de l'église mais c'est Charles Pierre Chapsal, maire de Joinville de 1843 à 1848, qui apporta les finances pourson édification.

Elle s'inspère des modèles basilicaux avec de grandes arcades en plein cintre de la nef et leurs chapiteaux qui trahissent son inspiration Romaine, tandis que le choeur gothique rappel l'époque gothique. D'une certaine façon c'est une église qui donne l'impression d'avoir été construite sur deux époques, époque Romane et époque Gothique, comme un grand nombre d'église dans le Val de Marne.

Les 30 verrières datent du XIXe siècle.