Édifiée au XIe siècle à la demande Guillaume le Conquérant, à partir de 1050, l'église est dans un style Roman mais avec une transition gothique du XIIIe et XVe siècle. Elle conserve un magnifique portail roman, elle fut édifiée par les mêmes bâtisseurs que l'abbaye du Mont-Saint-Michel qui se trouve à une dizaine de km. Elle possède une belle entrée romane  flanquée de deux tourelles  avec sculptures variées, elle serait unique en Europe.

Selon la légende, Guillaume le Conquérant, alors encore duc de Normandie, fit construire l'église après avoir échappé de peu à la mort après être tombé, lui et sa troupe, dans des sables mouvants entre Pontorson et le Mont-Saint-Michel. Il fut en effet sauvé par Harold qui réussi à l'extraire de justesse. Cette scène se trouve dans la tapisserie de Bayeux. 

Un portail roman aux belles proportions.

1050 - 1120, construction du chœur, des croisillons et des bases de la tour.

1120 - 1150, c'est ensuite la Nef avec ses demi-colonnes engagées dans les murs, ses travées carrées et croisées d’ogives à la voûte auxquelles se rattachent les pignons de l’Ouest et les trois portails.

1171, le château de Pontorson est détruit par un incendie, il reste une incertitude sur les dégats sur l'église.

1220, mise en place de l'autel, il serait de la même époque que le cloître gothique du Mont-Saint-Michel.

1381 - 1418, en plein guerre de Cent-Ans, des travaux sont réalisés : percement d'une grande fenêtre dans le chœur ainsi que dans les croisillions Nord et Sud.

Vers 1400, construction de la chapelle Saint-Jean, qui se situe parallèlement au chœur. 

Retable du XVe siècle, fortement endommagé lors des guerres de Religions et de la Révolution Française, il fut appelé un temps le "retable des Saint Cassés", toutes les saints ont été décapités sauf un !

1402, Robert Monflard, seigneur de Pontorson, et son épouse, font faire un retable qui retrace en 22 compartiments " la passion du Christ et sa résurrection".Il fait construire la chapelle Saint-Jean qui communique avec le sanctuaire.

Il est fortement endommagé lors des guerres de religions et la Révolution Française, au point qu'il fut appelé par les habitants " le retable des Saint Cassés".

1627, un beffroi gothique est rajouté, clocher à " bâtière" que l'on trouve fréquemment en Normandie, puis sont rajoutés deux chapelles ogivales qui  flanquent la nef au Nord et au Sud.

1853, rajout d'un lutrin à aigle impérial, en bois sculpté et doré.

Révolution Française, une vierge en bois du XVIIIe est sauvée de la destruction par sa transformation temporaire en "Marianne" avec un bonnet phrygien, idée d'un bourgeois de la ville.

1974, restauration intérieure de l'église, achevée en mai 1976.

sources : La Normandie monumentale et pittoresque, édifices publics, églises, hâteaux, manoirs, etc.. Manche 1re [-2e] partie. Partie 2 / Héliogravures de P. Dujardin ; d'après les photographies de E. Durand, D. Freuler et A. Thiébaut - site officiel.