La plus ancienne église paroissiale de Saint-Maur apparait au XIe siècle, lors de la création du village. L’Abbaye de Saint-Maur-des-Fossés, en contre bas du village, est nettement plus ancienne que le village puisqu’elle apparait la première fois le 9 mai 641.

Une chapelle dédiée à Saint-Nicolas de Myre existait probablement entre le Ve et VIIe siècle, réservée à l’usage des bateliers.

XIIIe, la chapelle romane Saint-Nicolas devient église paroissiale ,sous Saint-Louis, par Guillaume d’Auvergne, évêque de Paris (1228-1249). 

L'église subit alors un  agrandissement oriental (chœur et collatéral sud de trois travées de style gothique rayonnant)Il est attribué à Nicolas, abbé de 1238 à 1246.

Cette partie construite au XIIIe avec le clocher est facilement identifiable par ses voutes gothiques au fond de l'église 

L’église n’est pas complètement orientée Est, car lors de sa construction il existait déjà des bâtiments.

XVIe, l’église paroissiale n’est plus dépendante de l’abbaye.

La façade de l’église est précédée d’un porche à colonnes ( Narthex ), porche rajouté probablement au XVIIe siècle.

Le clocher fut accolé au chœur primitif au XIIIe siècle. Même si le clocher garde un aspect roman, il a subit d’importantes modifications au cours des siècles. Son toit était initialement en toit bâtière, avec une horloge et un cadran sur chaque pignon, cette couverture fut remplacée en 1890 par une toiture à quatre pentes.

La nef de l’église a été sensiblement modifiée. Jusqu’en 1931 elle était couverte d’une charpente apparente qui est restée d’origine ( XIIe ) jusqu’à cette époque. En 1931 les entraits du XIIe siècle sont supprimées.

Cette partie est en réalité la plus ancienne de l'églie, chapelle romane dont il reste l'arche romane à droite, néanmoins la voûte en berceau peut donner une impression d'une construction plus récente 

Lucien Graf, au vu de l’état de délabrement, propose une construction de la voûte en berceau. La charpente médiévale néanmoins est restée identique mais n’est plus visible.

Les vitraux sont « récents » puisque réalises après la seconde moitié du XIXe siècle, ils ont été réalisés par Lusson et Lefêvre en 1859.

1947, le monument est classé au titre des monuments historiques le 3 février.

Le 7 janvier 2018, la messe du jour est diffusée, à l'occasion de l’Épiphanie, en direct à la télévision dans l'émission Le Jour du Seigneur sur France 24.

La statue de la Vierge Marie

C'est la pièce maitresse de l'église, puisqu'elle est du XIIe siècle.

Un modeste oratoire mérovingiens situé dans l’enceinte de l’abbaye et consacrée à la Vierge, conservait le tombeau de Saint Babolein, qui fut l’objet de divers miracle qui conduit à donner le nom de Chapelle des Miracles dans l’église et dans l'abbaye ).

Au XIIIe siècle et début XIVe siècle, la présence de la statue entraine une nouvelle ferveur, les moines n’entrent dans la chapelle que pieds nus.

La chapelle Notre-Dame des Miracles est fermée à la révolution. La statue est cachée pour éviter sa destruction puis transférée dans l’église Saint-Nicolas.