L'église Saint-André est située dans le vieux quartier des Vignerons dans la commune de Joigny, en Bourgogne dans le département de l'Yonne.  Joigny appartient aux réseaux "Villes et pays d'art et d'histoire" et "Plus Beaux Détours de France" grâce à son patrimoine qui se compose de 19 monuments classés. Joigny est située sur éperon du plateau de la forêt d'Othe qui domine l'Yonne. Au Xème siècle est édifié un premier château, attribué à Rainard-le-Vieux, comte de Sens.

Eglise Saint-Jean de Joigny

 
Initialement un prieuré, dédié à Notre-Dame, des moines de l'Abbaye de la Charité-sur-Loire, fondé en 1080 par le comte Geoffroy de Joigny, elle devient avec le temps une église paroissiale au XIIIe.  En effet la fortification et la ville prenant plus d'ampleur, s'agrandissent et finissent par englober dans sa deuxième enceinte le prieuré. L'église fut utilisée également comme lieu de sépulture des comtes de Joigny, dont on encore l'un des gisants dans l'église et une dalle funéraire d'un prêtre qui sont classées au Monuments Historiques en 1992. Une Pietà de la fin du Moyen-Âge est également présente et classée Monuments Historiques.

L'église actuelle fut construite du XIVe au XVIe siècle avec des rajouts au XIXe siècle. Elle garde de l'église du XIe siècle une partie du mur Sud.

Mais en 1530, Joigny subit une destruction par le feu, et l'église Saint-André est endommagée. Le collatéral Nord sur voûte d'ogive est construit à cette époque. Le collatéral est formé de cinq travées à voûtes ogivales du gothique tardif dans un style renaissance. Elle fut dédiée à Saint-André au XVIe après l'incendie.

XIXe siècle, elle est restaurée et agrandie. C'est de cette époque que le rare vitrail historié sur Jeanne d'Arc est mis en place, en 1899, malgré qu'elle n'y soit à priori jamais venue. Néanmoins on peut faire un rapprochement avec Charles VII puisque la ville fut reprise par la population aux Anglo-Bourguinons de Guy de la Trémoille ">Trémoille ( ou Trémouille )  le 12 mai 1429 comme le montre une plaque commémorative à l'intérieur de l'église.

1971, elle est inscrite au titre des Monuments Historiques.