Edifiée en grande partie à la fin du XIIe siècle par Hugues III de Châteauneuf, seigneur de Brezolles, l'église fut fortement remaniée au XVe puis au XIXe et XXe siècle.

XIe, Ingulphe Ribauld ( de Dreux : c'est-à-dire un miles, un des chevaliers de la familia/groupe chevaleresque/cour féodale du château de Dreux). Il édifie la première église connue de Brezolles à l’extérieur de la haute cour du château. Elle fut dédiée à Saint-Germain, évêque d’Auxerre. 

Sous le règne de Robert-le-Pieux, il est un des vassaux du roi. Il est également seigneur du Thimerais dont de Senonches, Sorel et Rémalard. Il meurt en 1050, il est probablement le premier seigneur de la lignée familiale de Châteauneuf, et sa famille semble dominer la basse vallée de l'Avre et le secteur entre l'Avre et l'Eure.

1060, Albert Ribauld, fait une donation de l’église et de ses terres à l’Abbaye de Saint-Père de Chartres. Ce type de donation était courant à l’époque.

Il est le Fils d'Ingulphe et petit-fils de Godechilde sœur de Guillaume de Bellême, vassal du roi, il hérite de son père non seulement de Brezolles mais aussi de Senonches et Sorel. Une charte prouve que Senonches avec son château du IXe siècle lui appartenait, néanmoins, il n'était pas pour autant seigneur de tout le Theodemersis qui devint plus tard le territoire de la baronnie de Châteauneuf. Il épouse Adelaise d'Avesgaud (?) de la famille du Châtel d'Illiers dont il n'aura pas de descendance.[i]

Les moines bénédictins vont alors édifier un prieuré derrière l’église, puis font construire un petit barrage afin de créer un étant et y installer un moulin.

XIIe, Hugues II de Châteauneuf, fils de Gervais Ier et de Mabile de Châteauneuf-en-Thymerais, fut seigneur de Châteauneuf entre 1140 et 1170. Il est connu pour être comme son père un batailleur effréné et est également excommunié. Il s'était rendu si redoutable aux Anglais, que Henri Ier d'Angleterre voulut acheter le baron en lui proposant un mariage avec sa fille naturelle Marie.

Le village de Brezolles entre quelque temps dans une ère prospère jusqu’au au milieu du XIIe siècle, puisque le village sera à plusieurs reprises pris et pillé : 1151, 1159 et 1168. En effet Brezolles se trouve sur une terre de lutte entre le roi de France, Louis VII dit « le lion » et Henri II d’Angleterre mais aussi duc de Normandie. Ces multiples combats pour prendre la ville vont ruiner le village et l’église est ravagée par un incendie.

1177, Hugues III, seigneur de Brezolles, reconstruit l’église en pierre de grison. On peut trouver encore quelques restes de l’églises du XIIe siècle sur une partie du mur actuel qui fut réutilisé.

XVe siècle, après la guerre de Cent-Ans, l’église est agrandie par deux travées à l’Ouest. La tour carrée est surélevée afin d’y mettre des cloches et probablement aussi dans le cadre d’un usage de surveillance.

Révolution Française, l’église est mobilisée pour extraire du salpêtre, afin de faire de la poudre à canon, et l’ensemble de l’église est ravagée à l’intérieur : les corps sont extraits de leurs tombes et les pierre tombales  sont détruites. Néanmoins l'église ne fut pas endommagée à l'extérieur.

1792, le prieuré est vendu le 5 avril comme bien national. Une des portes de l’église est bouchée, c’est celle qui permettait l’accès des moines à partir du prieuré.

1878- 1879, l’église est fortement remaniée et restaurée en un style néo-gothique, alors à la mode de l’époque. Une nouvelle voûte est construite cachant notamment la charpente lambrissée. Le mur nord est partiellement abattu pour y construire la chapelle de la vierge.[ii]